Après avoir ratifié le protocole de Kyoto en 2002, l’Union Européenne prend des mesures concernant les biocarburants. La directive 2003/30/CE du 8 mai 2003 relève des objectifs : en 2010, la part des biocarburants dans la consommation globale des carburants doit atteindre 5,75%, (et 10% pour 2020 selon le conseil européen de mars 2007). La directive 2003/96/CE du 27 octobre 2003, restructurant le cadre communautaire de taxation des produits énergétiques et de l’électricité, fournit un cadre réglementaire aux Etats membres qui, soucieux d’aller en ce sens, souhaitent soutenir financièrement les initiatives. Ainsi, son article 15 stipule : « 1. Sans préjudice d'autres dispositions communautaires, les États membres peuvent appliquer sous contrôle fiscal des exonérations totales ou partielles ou des réductions du niveau de taxation: a) aux produits imposables utilisés sous contrôle fiscal dans le cadre de projets pilotes visant au développement technologique de produits moins polluants, ou en ce qui concerne les combustibles ou carburants provenant de ressources renouvelables; »

L’usage des biocarburants, toujours en cours de recherche, de développement et de démonstration est encore coûteux, malgré la forte hausse des prix des produits pétroliers, et nécessite donc des soutiens financiers.

Le biométhane est un biocarburant qui mérite attention car si, comme tous les autres, il est renouvelable et émet peu de CO2, il est produit à partir du recyclage des déchets organiques urbains. Ainsi, en plus de participer de la gestion globale urbaine, non seulement il ne contribue pas à accroître la pression sur les terres agricoles alimentaires, mais il fournit en plus un fertilisant agricole écologique par recyclage du digestat (résidu de la méthanisation). Des études démontrent que le biogaz pourrait alimenter 20% de la consommation des carburants pour le transport terrestre en Europe.

Lille Métropole Communauté Urbaine s’est doté d’une usine de biométhanisation qui s’apprête à alimenter en biométhane carburant une centaine de bus et la société Esterra, chargée de la collecte des déchets a pour objectif de faire passer, en 2013, 70 de ces camions au biométhane. Une étude démontre que cette pratique d’excellence permettra d’économiser 9000 tonnes par an de GES (Gaz à Effet de Serre). Cependant, selon Paul Deffontaine, Vice-Président de LMCU, interviewé lors de l’inauguration de l'usine de biométhanisation en septembre 2008, il serait souhaitable que ce produit ne soit pas taxé, afin d’accroître sa rentabilité économique.

LMCU réfléchit à une solution fiscale. Berne, partenaire Biogasmax, bénéficie déjà d’un mécanisme financier relevant d’un accord avec les distributeurs de gaz. Ces derniers ont une obligation de rachat de biométhane atteignant 10% du gaz pour véhicule distribué. LMCU a demandé au MEDD (Ministère de l’Ecologie et du Développement Durable) la mise en place d’un tel système. En créant une sorte de « certificat vert », il s’agirait de taxer faiblement le gaz fossile au bénéfice du biogaz. Néanmoins, une solution simple serait de réaffecter une part de la TICGN au marché du biométhane carburant.